Oberflächliche Gewässer (Flüsse und Seen) des Gebiets Tomsk nehmen etwa 2 % der Gesamtfläche ein. Auf dem Territorium des Gebiets gibt es 16000 Flüsse mit der Gesamtlänge von 93000 km, 62739 Seen mit der Fläche von 3570 km², mehr als 1500 Sümpfe, einschließlich Sümpfe mit der Fläche von mehreren Zehntausenden km², mehr als 1700 Teiche und Staubecken. Das Sumpfgebiet nimmt 91573 km² des Territoriums ein. 92 % dieser Gebiete gehören dem Waldfonds, 4,8 % - landwirtschaftlichen Landereien, 3,2 % - den Bestandgebieten.