Wälder bedecken 60% des Gebietsterritoriums. Die Nadelbäume der Taiga sind Kiefern, Zirbelkiefern, Tannen und Fichten. Zu den Laubbäumen gehören Birken und Espen.

Das Gebiet Tomsk ist an Beeren reich: Him-, Preisel-, Blau-, Heidel-, Moosbeeren, sowie Johannisbeeren und Faulbeeren. Es gibt Zehntausende von Heilpflanzen.