Das Territorium des Gebiets Tomsk zählt 16 Bezirke, 6 Städte, 117 Dorf- und 3 Stadtsiedlungen.

Zu den Städten der Gebietsunterordnung gehören  Streshewoj und  Kedrowyj.

Die geschlossene administrative Einheit besteht aus der Stadt Sewersk und einigen

Das Gebietszentrum ist Tomsk.

Die Verwaltung in den Bezirken und Städten wird von 5 Oberbürgermeistern und 15 Leiter der munizipalen Einrichtungen vertreten. Die Leiter der munizipalen Einrichtungen werden durch eine Volksabstimmung gewählt.

Zu den repräsentativen Machtorganen der munizipalen Einrichtungen gehören 11 Dumas, 4 Sowjets der Volksdeputierten, 2 Sowjets, 2 Versammlungen der Volksvertreter und 1 Munizipalitätssowjet.