Das Wappen des Gouvernements Tomsk (ein Pferd als Symbol des Fuhrwesens) entstand im Juli 1878.

Im Mai 1997 hat die Staatsduma der Region Tomsk eine neue Symbolik mit Rücksicht auf historische und heraldische Traditionen Russlands genehmigt: das silberne Pferd auf dem grünen Schild, gekrönt von der Kaiserkrone, umschlungen von goldenen Eichblättern, verbunden mit einem Band.

Die Fahne ist weiß mit dem Wappen in der Mitte.

Die Farben der Symbole sind von Naturverhältnissen des Gebiets bestimmt. Das grüne Feld symbolisiert Wälder, vorwiegend Nadelwälder, die mehr als die Hälfte des Gebietsterritoriums bedecken. Der weiße Hintergrund der Fahne ist ein Sinnbild für rauen und langen Winter.