In der Region Tomsk werden die Patienten in mehr als 70 Krankenhäusern, 57 selbstständigen ambulant-poliklinischen Einrichtungen, 7 wissenschaftlichen Forschungsinstituten medizinischen Profils von 6 900 Ärzten behandelt. Es gibt zwei Sanatorien: "Tschashemto" und "Kljutschi".

Auf dem Territorium des Gebietes wird eine Reihe von internationalen Programmen durchgeführt: Bekämpfung der Tuberkulose (einschließlich der resistenten Formen), AIDS-Vorbeugung.

Seit 2005 wird das nationale Präsidentenprojekt "Modernes Gesundheitswesen" im Gebiet Tomsk realisiert.