Die deutsche Firma Karl Zeiss ist einer der Gründer des ersten Instituts in Russland für Mikrochirurgie, das in Tomsk eröffnet wurde.

Das Institut für Petrolchemie arbeitet mit Wissenschaftlern in Hannover an der Erforschung des Erdölbestandes von Norddeutschland.

Die polytechnische Universität Tomsk hat eine Vertretung in der Universität in Karlsruhe.

Die staatliche Universität Tomsk arbeitet eng mit dem DAAD, dem Goethe-Kulturzentrum, deutschen wissenschaftlichen Kreisen und anderen Zentren und Stiftungen zusammen.

Seit einigen Jahren arbeitet in Tomsk eine Filiale des Goethe-Instituts für deutsche Sprache München. Die Kursteilnehmer erwerben international anerkannte Zertifikate der deutschen Sprache.

Die Filiale des DAAD Bonn arbeitet aktiv an der Organisation von Studien- und Forschungsreisen für Studenten und Doktoranden der  Tomsker Hochschulen.