Die Region hat gute Kontakte zur Botschaft der Bundesrepublik Deutschland in der Russischen Föderation.
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Die Verwaltung der Region Tomsk pflegt auch enge Beziehungen zum Generalkonsulat der Bundesrepublik Deutschland in Nowosibirsk.
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Vom 22. bis zum 22. Juni 2004 war Volker Rühe, der deutsche Ex-Verteidigungsminister, Abgeordnete des deutschen Bundestags und Vorsitzende des Internationalen Ausschusses auf Einladung des Gouverneurs der Region Tomsk, Viktor Kress, auf Besuch in Tomsk.
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Seit 1997 steht die Verwaltung der Region Tomsk in Kooperation mit dem Bundesland Niedersachsen.

Die Region Tomsk arbeitet mit diplomatischen, konsularischen und Handelsvertretungen von Russland und Deutschland zusammen.

• Botschaft der Russischen Föderation, Berlin
• Vertretung der Industriehandelskammer der RF in Deutschland
• Generalkonsulat der RF in München

Im Laufe von acht Jahren arbeitet die Verwaltung der Region Tomsk mit dem Deutsch-Russischen Forum in Berlin zusammen (der Vorstandvorsitzende ist der Ex-Botschafter Deutschlands in der RF, Ernst Jörg von Studnitz, der in seinen letzten Amtsjahren  zweimal in Tomsk war).

Die Region Tomsk hat Pläne, an der Realisierung des Abkommens über den Jugendaustausch zwischen Deutschland und Russland teilzunehmen, das am 21. Dezember 2004 in Schleswig von der deutschen und russischen Regierung unterzeichnet wurde.

Eine der Richtungen der Kooperationsbeziehungen ist die Entwicklung der sog. „Volksdiplomatie“. Die Tomsker, die jetzt in Deutschland leben, und deutsche Bürger erweisen ehrenamtliche Hilfe und zeigen große Bereitschaft bei der Entwicklung von Kontakten in verschiedenen Bereichen.

2005 einigten sich die Verwaltung der Region Tomsk und die „Vereinigung der Tomsker in Berlin“, dass die ehemaligen Tomsker die Region Tomsk bei dem Aufbau notwendiger Kontakte in Deutschland unterstützen werden.