Der regionale Güterverkehr erfolgt hauptsächlich per Fluss und per Autostraßen.

Die Gesamtlänge der inneren Schifffahrtstadern des Ob und seiner Nebenflüsse beträgt etwa 5000 km.

Die Netzdichte der Strassen der allgemeinen Nutzung (6405 km) beträgt 20,2 km pro 1000 km des Territoriums. Zwei Rayonzentren (Alexandrowskoje und Belyj Jar) und zwei Städte (Streshewoj und Kedrowyj) haben keine Straßenverbindung mit dem Gebietszentrum.

Die Gesamtlänge der Eisenbahn beträgt im Gebiet Tomsk 345 km. Die Haupteisenbahnlinie ist: Belyj Jar – Tomsk – Taiga.

Der Transport von Fahrgästen und Gütern (darunter auch Zeitungen und Zeitschriften) erfolgt zu mehreren Ortschaften nur per Luftverkehr.

Vom November bis zum März werden Winterstraßen (so genannte "Simniki") für die Zufuhr von Gütern nach Norden des Gebiets benutzt.

In Rahmen der Transportstrategie Russlands wurden im Gebiet Tomsk das Projekt für Straßenbau "Tomsk - Nishnewartowsk - Chanty-Mansijsk – Perm", "Tobolsk – Tara – Tomsk" und das Projekt für den Bau der Eisenbahnstrecke "Jenisejsk - Belyj Jar – Nishnewartowsk" entwickelt. Die Realisierung dieser Projekte wird auf Jahre 2010 – 2020 geplant. Diese Projekte werden zur Verbesserung der Transportversorgung des Gebiets beitragen.